板蓝根是植物菘蓝或草大青的干燥根。呈细长圆柱形，长约10～20～30厘米，直径3～8毫米。表面浅灰黄色，粗糙，有纵皱纹及横斑痕，并有支根痕，根头部略膨大，顶端有一凹窝，周边有暗绿色的叶柄残基，较粗的根并现密集的疣状突起及轮状排列的灰棕色的叶柄痕。质坚实而脆，断面皮部黄白色至浅棕色，木质部黄色。气微弱，味微甘。以根平直粗壮、坚实、粉性大者为佳。
板蓝根的根部含靛甙、靛红、靛蓝、菘蓝甙B、尿苷、尿嘧啶、次黄嘌呤、水杨酸、青黛酮、胡萝卜甙、β-谷甾醇、板蓝根乙素、丙素和丁素．亦含植物性蛋白、树脂状物、糖类、芥子甙、多种氨基酸及微量元素．尚含抗革兰阳性和阴性细菌的抑菌物质．马蓝根含蒽醌类、β-谷甾醇。还含有靛蓝，靛玉红，蒽醌类、γ-谷甾醇以及多种氨基酸：精氨酸，谷氨酸，酪氨酸，脯氨酸，缬氨酸，γ-氨基丁酸。还含黑芥子甙，靛甙，色胺酮，1-硫氰酸-2-羟基丁-3-烯，表告伊春，腺甙，棕榈酸，蔗糖和含有12%氨基酸的蛋白多糖。还含有抗革兰氏阳性和阴性细菌的抑菌物质及动力精等成分。